它的原理是通過熒光染料或熒光標記的特異性的探針，對PCR產物進行標記跟蹤，實時在線監控反應過程，結合相應的軟件可以對產物進行分析，計算待測樣品模板的初始濃度。

　　過去，我國熒光檢測試劑普遍采用的是定性的檢測方法，即通過對人體內抗原、抗體的檢測來判斷是否感染了病毒。但遭受病毒感染后，病毒要在體內潛伏一定時間，人體才會產生抗體。這段時間就是“窗口期”，而且定性檢驗所能報告的只是感染或未感染，卻無法報告感染者體內病毒的數量。

　　實時熒光PCR試劑盒克服了上述不足，檢驗時通過基因擴增的方法（即PCR）將病毒等成百倍地放大，采用熒光顯示儀，可以清晰準確地觀察到病毒的數量。而且，它所檢測的是病毒本身而不是人體內的抗原或抗體，所以一旦病毒進入人體就可能被檢測出來，使“窗口期”發現病毒感染者成為可能。

　　這種試劑盒主要用于各型肝炎、艾滋病、禽流感、結核、性病等傳染病診斷和療效評價；地中海貧血、血友病、性別發育異常、智力低下綜合癥、胎兒畸形等優生優育檢測；腫瘤標志物及瘤基因檢測實現腫瘤病診斷；遺傳基因檢測實現遺傳病診斷等。

　　實時熒光PCR試劑盒的出現，簡化了定量檢測的過程，而且真正實現了定量。多種檢測系統的出現，使實驗的選擇性更強。自動化操作提高了工作效率，反應快速、重復性好、靈敏度高、特異性強、結果清晰。隨著生物芯片技術和熒光探針定量技術的結合，熒光定量PCR在醫學檢測及其他各個領域中的應用前景將更加廣闊。